1 ... 20 21 22 23 24 25 26 27 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 24

səhifə24/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

expressed in an orthogonal Angstrom axial system.

1.3.7.15 – CIF2SHELXL – Convert CIF&FCF to SHELX .ins & .hkl Input Files


This tool converts the data in 

name.cif

 and 

name.fcf

  files into a 

name_shelxl.ins

 and 

name_shelxl.hkl

 files ready for re-refinement with SHELXL. The source data can be those 
archived and downloadable for Acta Cryst. C & E papers. This option allows for a detailed 
analysis of issues not addressed in the original paper or for the testing of new software. The 

name_shelxl.ins

 file might need some editing in cases where constraints or restraints are 
needed. The corresponding keyboard instruction is 

CIF2SHELXL

. The equivalent filter 
operation as a terminal window command line : 

platon -H name.cif



1.4 - PLATON PACKAGE SUBMENU'S 


This section gives details for the various submenu options. The coding of the subsections is 
as 

1.4.n.m

, where 

n

 is the submenu number in the top right box of the display and 

m

 the 
number (1 to 25) of the box.

1.4.1 - ORTEP TOOL SUB-MENU #0


1.4.1.2 - MONO/STEREO Option Toggle


Clicking in the left box gives 

RedGreen Stereo

. Clicking in the right box gives 

BlueGreen 


Stereo

. Clicking in the same box again will result in the 

Mono

 display mode. These options 
are available only from this menu.

1.4.1.3 – Hydrogen  Atoms INCLUDE/EXCLUDE


Hydrogen atoms are included (RED) or excluded from the ORTEP plot by left-button 
clicking on the 

(include/no)H-atom

 button toggle. Individual H-atoms can be made 
immune for the global effect of the H-atom toggle with the HINCLUDE/HEXCLUDE 
instruction (see 

Section 2.5.3.15

).This feature can be useful when only a few H-atoms of 
interest are to be shown with all others left out. 

1.4.1.4 - DeleteAtoms 


Click on the centers of the atoms to be removed from the ORTEP display. Note: Atoms 
deleted in this way will be ignored in a subsequent SOLV/PLOT (see 

Section 1.3.3.7


calculation but included in the molecule display. 

1.4.1.5 – Probability  Level


Displacement ellipsoid surfaces can be drawn at probability levels from 10 to 90 % in steps 
of 10%. The actual value depends on the click position and shown in the upper right corner 
of the display. The default setting is 50%.  

1.4.1.6 – Calc Coordination 


Click on an atom for the calculation of its coordination geometry. A coordination listing will 
be displayed on the graphical window. Clicking on an entry will bring up a display of both 
the starting molecule molecule and that of the selected contact. In this way the display of a 
selected set of ARU's can be buildup.

1.4.1.7 – Distance Angle and Torsion Calculation


Interactive distance and angle calculation by clicking on the relevant atom centers. The click 
position in the sub menu determines whether a distance, a bond angles or a torsion angle is 
to be calculated. The option is switched off by clicking again in the same box.

1.4.1.8 - JOIN and DETACH Toggle


Toggle for 'clickable atom' JOIN, JOIN DASH and DETACH operations. This feature may 
be useful for changing some bonding details. This function is relesed by clicking in the 
same box again. Related keyboard instructions are: 

JOIN at1 at2 NODASH/DASH/LDASH

  (see 

Section 2.5.3.10

) and

DETACH at1 at2

 (See 

Section 2.5.3.11


1.4.1.9 - DefineToEnd


With this option, a set of bonds originating from a central atom to selected atoms will be 
replaced by a dash line to the corresponding centre of gravity. In general, this function will 
be used for bonds between a metal and atoms partaking in a unsaturated system (e.g. a C=C 
bond). 
Procedure: 
1. Click on the 'Define' menu box. 
2. Click on the base atom (in general a metal) 
3. Click on the atoms determining the centre of gravity to which a substituting dashed 
bond has to be drawn. 
4. Click on the 'End' field. 
Alternatively issue the keyboard instruction: 

DEFINE at1 TO at2 at3 at4 at5

 

1.4.1.10 - View Options


The starting orientation (to be refined by rotation instructions) is determined by the click 
position:
1. All angles zero 
2. Minimum overlap VIEW 
3. VIEW down XO 
4. VIEW down YO 
5. VIEW down ZO 

1.4.1.11 - NO DISORDER Toggle


Toggle for the Display/Not Display of major/minor disorder. Left clicking gives the major 
disorder form and right clicking the minor disorder form. Clicking in the same box will 
bring the display of both back.

1.4.1.12 - LABEL PLOT Options


Global label on/off toggle. Left position for non-hydrogen atoms only. Right click position 
includes H-atom labels in plot.

1.4.1.13 - MOVE LABEL Toggle



When active (RED), atom labels may be moved to a new position. Clicking on the lower left 
corner of a label will delete the label to appear again at the click position of a second click.

1.4.1.14 - LABEL SIZE


The label size can be globally changed as a function of the click position. 

1.4.1.15 - DELETE LABEL Toggle


Individual labels can be deleted by clicking on them. 

1.4.1.16 - INCLUDE LABEL


Deleted labels (shown in red) can be reinstated by clicking on them. 

1.4.1.17 - Display by Residue


This button contains NRES (= number of residues) + 1 clickable boxes. By default, all 
residues are shown. This corresponds to the leftmost click position. The other click positions 
bring up individual residues. The number of the residue displayed is shown on the drawing. 
The number 0 indicates that all residues are shown.  Alternatively, residue #10 will be 
displayed with the keyboard instruction 

RESD 10


1.4.1.18 - Continuous Rotation


Continuous rotation about the vertical y-axis with speed corresponding to click position. 
Rotation can be discontinued by clicking on the image. sim 

1.4.1.19 - Stepwise Rotation About Z


Stepwise rotation about Z (perpendicular to image). Step size and direction based on click 
position. 

1.4.1.20 - Stepwise Rotation About Y


Stepwise rotation about the horizontal axes (Y). Clicking in the central area gives small 
rotation steps.Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps. 
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.1.21 - Stepwise Rotation About X


Stepwise rotation about the horizontal axes (X). Clicking in the central area gives 
small rotation steps. Clicking further from the center corresponds with larger rotation 
steps. Clicking left from the center or right from the center determines the sense of 
rotation. 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---164.html

the-schools-white-paper---169.html

the-schools-white-paper---173.html

the-schools-white-paper---178.html

the-schools-white-paper---182.html