1 ... 29 30 31 32 33 34 35 36 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 33

səhifə33/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

Toggle for (re)setting the minimum line width for X-Window Graphics Display. This feature 
may be useful depending on the default X-server line width. 
 

1.4.9.3 - COLOR Toggle


Switch between Black&White and Color. When RED, hetero atoms are distinguished with a 
differing color. 

1.4.9.4 - LablHetAts Toggle 


Label Hetero Atoms Only Toggle. 
 

1.4.9.5 - DispAllLab


By default, a label will not be drawn for an atom when the automatic positioning function 
cannot find a proper place. This Toggle overrules this feature by plotting a label anyway. 
The label can then be moved manually to the best alternative position. 

1.4.9.6 - LabelCg Toggle


Toggle for the display and inclusion in geometrical calculations of supporting Cg 'atoms'. 

1.4.9.7 - Alias Toggle


PLATON sets some restrictions on atom labels. When a label is given in a CIF that conflicts 
with those rules, an alias (terminated with a #) is generated. By default, the original labels 
are presented on output and graphics where ever possible. With this toggle ON (RED), the 
aliases used in PLATON are given. 

1.4.9.8 - MolFit by Clicking


A Quaternion based fit will be done of molecule #1 on molecule #2 (or molecule #n on 
molecule #m for that matter). Both molecules in the asymmetric unit to be fitted will in 
general be chemically equal. However, by special arrangement, unequal molecules may be 
fitted as well (usually in the form of two concatenated 'PDB-style' datafiles as input).Atoms 
to be used for the fit (at least 5 pairs) should be clicked in pairs. The Fit sequence starts and 
ends by clicking on the menu-item 

FITbyCLICK

. Note: Clicking on just two 
corresponding atoms will suffice in cases where the atom labels in both residues to be fitted 
are such that they are pairwise equivalent after sorting. For more information on molecule 
fitting see 
FIT
 and 
AUTOFIT
. There are three click positions. The middle click position 
attempts the best fit of molecule #n on molecule #m. The right click position attempts the 
best fit for inverted molecule #n on molecule #m. The Left click position attempts the fit of 
molecule #n and inverted molecule #n on molecule #m respectively, keeping the best fit. 
 

1.4.9.9 - AUTO MOLFIT Toggle


A (Quaternion based) fit will be done of molecule 1 on molecule 2. Both molecules should 
be chemically equal. For more information on molecule fitting see 
FIT
 and 
AUTOFIT
. The 
Left click position attempts the best fit including inversion. 

1.4.9.10 - (UAE)WLSPL


The default weighting of atoms determining the  least-squares planes is UNIT. Alternatives 
are weighting based on Atomic weight or s.u. 

1.4.9.11 - Angle2Lines


Option to calculate the angle between two lines by clicking on two pairs of atoms. 

1.4.9.12 - LstRadBonds



(To be done)

1.4.9.13 - LIST CELL/SYMMETRY


Left Box: List current cell dimension info. Right Box: List current space group symmetry 
option. 
 

1.4.9.14 - LIST ATOMS & UIJ


Left Box: List atomic positions and related data for inspection. Right Box: List UIJ- main 
Axes + U(eq).

1.4.9.15 - LIST FLAGS & RADII


Clicking in Left Box: List of internal FLAGS for inspection. Clicking in Right Box: Listing 
of JOIN radii used for inspection .

1.4.9.16 - LIST ARU


List asymmetric residue codes (ARU) on alphanumeric window. This feature is useful to 
find out about the applied symmetry operations on atoms that are shown with a symmetry 
code extension on the plot. 

1.4.9.17 - DISPLAY BY RESIDUE


This button contains NRES (= number of species) + 1 clickable boxes. By default, all 
residues are drawn. This corresponds to the leftmost click position. The other click positions 
bring up individual residues. The number of the residue displayed is shown on the drawing. 
The number 0 indicates that all residues are shown. 

1.4.9.18 – Reverse B&W


Change background from black to white. This option may be useful for screen captures of 
images to be printed.

1.4.9.19 - STEPWISE ROTATION ABOUT Z


Stepwise rotation about Z (perpendicular to image). Step size and direction based on click 
position. 
 

1.4.9.20 - STEPWISE ROTATION ABOUT Y


Stepwise rotation about the horizontal axes (Y). Clicking in the central area gives small 
rotation steps. Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps. 
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.9.21 - STEPWISE ROTATION ABOUT X


Stepwise rotation about the horizontal axes (X). Clicking in the central area gives small 
rotation steps.Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps. 
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.9.22 - LtReference


(to be done) 

1.4.9.23 – LsplWithEnd -Interactive calculation of dihedral angles between least 


squares planes.


The Plane definition of the first plane starts with clicking on the 

Lspl

 button followed by 
clicking on the atom centres of the atoms participating. This first sequence is terminated and 
the sequence for the second plane started by a click on 

With

. The second sequence is ended 
(and the calculation initiated) by clicking in the 

End

 field. Alternatively, an instruction 
similar to 

LSPL c3 c4 c5 WITH c1 c2 c6

 could be issued from the keyboard. Atoms are 
treated with unit-weight by default. Alternatives are weighting based on atomic weights and 
standard deviations (esd, su). The weighting scheme may be changed using the 

(UAE)


WLSPL

 button. 

1.4.9.24 – LsplDistEnd - Interactive calculation of least squares planes.


The Plane definition starts with clicking on the 

Lspl

 button followed by clicking on the 
atom centers of the atoms participating. The sequence is ended (and the calculation initiated) 
by clicking in the 

End

 field. Plane determining atoms may be separated from those for 
which the distance to the plane only has to be calculated by clicking on the 

Dist

 field 
between the clicks on atoms. Alternatively, an instruction similar to 

LSPL c3 c4 c5 DIST c1 


could be issued from the keyboard. Atoms are treated with unit-weight by default. 
Alternatives are weighting based on atomic weights and standard deviations ( s.u.). The 
weighting scheme may be changed using the 

(UAE)WLSPL

 button. 

1.4.9.25 - PLUTON & END BUTTONS


Clicking on the PLUTON button provides a direct pathway to PLUTON sporting the same 
connectivity and orientation etc. Return to main PLATON menu with 'END'. 

1.4.10 – PLATON SUB-MENU #0


1.4.10.2 - NOMOVE Toggle


The NOMOVE toggle is designed to give some global control over the moving (with the 
application of an allowed  symmetry operation) of atoms into a connected set (i.e. molecular 
species, with their centers of gravity within the unit cell range) from an input set of 
coordinates. When active (indicated by a RED menu-item NoMove) coordinates are not 
transformed (moved) from their input positions. Rather, new symmetry related positions for 
atoms connected to the starting set are added. Unwanted results and side-effects may be 
obtained when the underlying connectivity assumption is false. The 

NOMOVE

 option is 
ON by default for CIF and FDAT Input data, assuming a connected set. If the molecules are 
none-the-less not connected an undesirable connectivity may result. Set 

NOMOVE OFF 


when the input coordinate set does not form a connected set. This is the default (assumption
) for non-CIF or non-FDAT data sets (i.e. 

shelxl.res

 or 

.spf

 files). A more detailed control is 
available via the TRNS instructions  (see 

Section 2.4.1

). The best approach to a connected 
set is to handle this issue at the 

.res

 (i.e. structure solution) stage. 

1.4.10.3 - Join-Expand



:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---187.html

the-schools-white-paper---191.html

the-schools-white-paper---196.html

the-schools-white-paper---20.html

the-schools-white-paper---204.html