1 ... 35 36 37 38 39 40 41 42 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 39

səhifə39/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

keyboard). By default, space groups in standard settings are suggested (resulting in a non 
unit transformation matrix for the reflection data on the HKLF 4 shelx instruction). 

System 


S

 suggests a suitable space group based on several criteria, including the frequency in the 
CSD and the optional additional information that the compound involved is chiral. An 
alternative space group from the list can be selected either by clicking on the appropriate 
line or explicitly from the keyboard. (E.g. 

SPGR Pc

). 
The alternare space group 

P21/n

 can be selected (keyboard instruction 

SPGR P21/n

) when 
automatic transformation to P21/c is suggested but P21/n considered more suitable for the 
current study (e.g to simplify the description of a twinning law). Note: Either P21/c or P21/n 
can be chosen (i.e. not both). 

1.4.17.6 - FORMULA & Z


FORMULA

: The Formula instruction specifies the atom types and their number in the 
molecule. Along with Z it determines the unit cell content. The formula can be changed 
during the structure determination process. Elements can be added when needed. 
Examples: 
FORMULA C10H10O1 
FORMULA C 10 H 10 O 1 
The latter format should be used to eliminate unwanted element types (either obsolete or 
introduced as a type error). 

Z

: Z should be specified such that, along with the formula, it represents the unit cell 
contents. 
Notes: 
1. Reasonable Z values are guessed and could either accepted or superseded by the 
value entered. 
2. In the absence of any prior knowledge of the contents of the unit cell the formula 
(C1H2)n can be attempted in an attempt to solve a structure by Direct Methods (e.g. 
SHELXS). 
3.

1.4.17.7 - PLUTON & RENAME


Display and atom renaming functions.

1.4.17.8 - DIRDIF


PATTY

:Clicking on this button invokes the DIRDIF/PATTY program suite for the structure 
determination of 'heavy atom' structures via Patterson techniques. 

ORIENT

: Clicking on this button invokes the DIRDIF/ORIENT program suite for structure 
determination based on an orientation search with a known structural fracment (model). 
The model is assumed to be present as an ATMOD-file in ~USER/s/COMPOUND/.model. 
When no such a file is found, the DIRDIF/ORBASE feature is started up in the ASCII 
window in order to generate such a model. 
Example: 
1. Startup the sdemo test-example with SYSTEM S in space group Pc (or P21). Note: 

P21/c will not work for the centrosymmetric model we are going to use. 
2. Continue until the suggested 'shelxl86' based phase determination. 
3. Click on ORNT (Next to the Dirdif field in the vertical menu at the right) 
4. Answer the questions of DIRDIF/ORBASE. Choose either '19.11' (i.e. Benzene) or 
18.11 (Benzoquinone) as a model. and save/exit. 
5. A PLUTON drawing of the solved structure will pop-up. 
6. Acknowledge the isotropic refinement instruction. 
7. Click on ADDSYM to find out the real symmetry (P21/c). The result is shown on the 
graphics window in RED: M/P-SPGR P21/c. 
8. Implement the newly found symmetry by clicking on TRMX. As a result A new 
branch in the directory tree is created up to the point where refinement can be 
continued. 
9.

1.4.17.9 - SHELXS86, SIR97 & SIR2004


Clicking in one of the fields details below invokes a default run of the named programs to 
(attempt to) solve a structure with the named program. 

SHELXS86

: Clicking on this button invokes a 'stripped' SHELXS86 version. A structure 
solution by Direct Methods (TREF) is attempted. 
The resulting 'raw' peak list can be 'cleaned' with one of the 'exorciser-tools' EXOR, 
EXORS, EXORD or EXORC. 

SIR97

: Clicking on this button invokes the SIR97 (Direct Methods) structure determination 
package. 

SIR2004

: Clicking on this button invokes the SIR2004 (Direct Methods) structure 
determination package.

1.4.17.10 - EXOR, EXORS, EXORD 


EXOR

: Automatic work-up of raw model (e.g. from Direct Methods, SHELXS/PATT) to a 
more complete model with automatically assigned atom-types. The EXOR(cise) procedure 
is based on a sequence of population parameter refinements and difference maps. 

EXORS

: Automatic work-up of raw model (e.g. from Direct Methods) to a more complete 
model with automatically assigned atom-types. The EXORS procedure is based on a 
sequence of displacement parameter refinements and difference maps (using SIR). 

EXORD

: Automatic work-up of raw model (e.g. from Direct Methods) to a more complete 
model with automatically assigned atom-types. The EXORD procedure is based on the 
PHASEX procedure in DIRDIF. 

1.4.17.11 - SHELXL-ISO


Clicking in this field will start an isotropic displacement parameter + coordinates refinement 
using SHELXL97. 

Features and Options


- The click position determines the number of least-squares cycles [0:5]. 

- The leftmost button (0 cycles) gives a structure factor and difference map calculation 
only, suitable for structure completion from a preliminary model. 
- Setting the toggle 'EDIT-SHXins' gives access to the input file to SHELX prior to 
launching the actual calculations, allowing for setting any special desired non-standard 
features using a text editor. 
Calculations start automatically after termination of the editor. 
 

1.4.17.12 - SHELXL-ANISO


Clicking in one of the six boxes will invoke an anisotropic displacement parameter 
refinement with 0 to 5 cycles. Isotropic displacement parameters for non-H atoms are made 
anisotropic. 

1.4.17.13 - TwinRotMat


Detection of missed twinning. See 

Chapter 6

 for details. 

1.4.17.14 - HDIF & HFIX


HDIF

: Hydrogen atom position pick-up from a difference map followed by population 
refinement. 

HFIX

: Introduction of hydrogen atoms via the SHELXL/HFIX mechanism. 

1.4.17.15 - SHELXL-HATS


Refinement including H-atoms (either riding or free) 

1.4.17.16 - SHELXL-WEIGHT


Refinement with weights including weight optimization. Additional refinement cycles are 
suggested until convergence is reached. 

1.4.17.17 - PLUTON & RENAME


Display and atom rename functions. 
See for details
 

1.4.17.18 - PLATON & ADP 


PLATON: 

Facilities:This Option brings up PLATON for additional Tools using the current 
CIF-data is input (or .res when 

.cif

 is not available). 

ADP

: Clicking in the rightmost box (ADP) brings up the build-in ORTEP function in 
PLATON. 

1.4.17.19 - INVERT & HFREE


INVERT: 

Inversion of the Absolute Structure

:


Non-centrosymmetric structures may require inversion of the structure in 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---209.html

the-schools-white-paper---213.html

the-schools-white-paper---218.html

the-schools-white-paper---26.html

the-schools-white-paper---30.html