1 ... 48 49 50 51 52 53 54 55 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 52

səhifə52/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

a convenient feature for the browsing of  structures that are retrieved from the Cambridge 
Structural Database. In that case, an interactively supplied END statement will not stop 
program execution but will load the next data set (use the instruction STOP or EXIT for 
premature abortion). Facilities are available (the SAVE instruction) to run the same set of 
instructions on a file that contains more than one data set (e.g. a series of structures 
extracted from the Cambridge Structural Database). 
 

3.2 – An Introductory Example


The following example, assumed to run on a unix system, of the structure of CYTOSINE 
should provide a simple introduction to the use of the program and its potential. X-Window 
based implementations support both keyboard instructions and menu driven input with an 
automatic redraw of an updated image. 
The structural parameters are assumed to reside on a disk file, named 

cyto.spf

 in this 
example, for which the contents are listed below (free format). This particular input format 
is convenient for viewing structures with parameters taken from a publication: 
   TITL CYTOSINE (ANHYDROUS) ACTA CRYST. B29, 1234, 1973.
   CELL 13.044 9.495 3.814 90 90 90
   SPGR P212121
   N1   0.0222 0.0285 0.4410
   C2   -.0164 0.1561 0.3276
   O2   -.0998 0.1595 0.1710
   N3   0.0402 0.2745 0.3877
   C4   0.1308 0.2635 0.5492
   N4   0.1842 0.3828 0.5967
   C5   0.1705 0.1337 0.6674
   C6   0.1134 0.0187 0.6084
  
 H1   -.013  -.057  0.363
   H3   0.154  0.463  0.541
   H4   0.248  0.378  0.652
   H5   0.237  0.128  0.796
   H6   0.132  -.078  0.692
PLUTON may be invoked for this data set with the command: 

pluton cyto.spf

 
As a result the data set CYTO is loaded and, since this file does not contain an END 
instruction at the end of the file, the program comes, after that the end-of-file has been 
reached on this file, with the prompt >>, ready to receive additional data and/or instructions 
interactively. When we now type in response to the prompt the instruction PLOT, the 
program will automatically assemble a unique molecule (i.e. symmetry operations will be 
applied when necessary to find connected sets of atoms), find all bonds and generate a 
minimum overlap stick-style plot of the structure. The program now waits for the user to 
press the RETURN (or ENTER) key to present the prompt >> again and to accept new 
instructions. Alternatively, a new instruction may be typed directly without waiting for the 
prompt. At this point the automatic minimum overlap view direction may be modified with 
any of the available VIEW instructions. As an example we can rotate the structure clockwise 

by 45 degrees about the horizontal X-axis with the instruction VIEW CURRENT XROT 45 
(or to the same effect XROT 45) and see the effect with a new PLOT instruction. The style 
of the plot may be changed into the SOLID, STRAW, ROD or CPK style with 
corresponding instructions: e.g. ROD SHADE COLOR followed by PLOT or CPK GLOBE 
COLOR followed by PLOT. 
A PLUTON session thus involves a series of cycles, each of which consisting of contents, 
style and viewpoint modification instructions, if any, followed by a PLOT instruction. As an 
aid, it is possible to inspect the contents of the various internal tables with instructions such 
as LIST ATOMS, LIST BONDS or LIST ARU. On- line information on the available 
instructions is available by typing HELP. A status line reports the current values on some of 
the more relevant settings. Use HELP GRAPHICS for instructions to change the default 
graphics settings. 
The input set of fractional coordinates is not required to form a connected set or even a 
complete molecule in case of molecules sitting on a crystallographic symmetry element. 
Unless instructed explicitly by the user, the necessarily calculations are carried out 
automatically as communicated to the user by the expression AEX:: JOIN RADII UNIQUE 
EXPAND. This will automatically generate a connected set based on standard covalent radii 
and symmetry expanded when applicable. Where appropriate the user is informed about 
problems, new parameter values and the current status of relevant parameters. 
Intermolecular hydrogen bonds of the type Donor-H...Acceptor may now be generated with 
the instruction: 

JOIN HBONDS. 


An alternative would be  

JOIN RADII INTER H 1.2 O 1.5 N 1.5 


but this will generate many unwanted additional contacts that will have to be deleted 
subsequently from the bond list). The list options (e.g. LIST ATOM, LIST BONDS or LIST 
ARU) may be used following this instruction to verify that several items were added to the 
atom, bond and aru lists. 
A SOLID type packing diagram with the unit cell outline and viewed down the c-axis of the 
structure is generated with a few additional instructions (
Fig. 4
): 
     SOLID
     PACK RANGE -0.5 1.5 -0.5 1.5 0 1
     UNITCELL
     VIEW ZO
     PLOT
To finish the program the instruction END should be issued. The trailer listing file provides 
a detailed log of the current session. All instructions are saved on a journal file to 
reconstruct previous style and orientation settings. In addition the name of the generated 
meta file (if any) is given. 

3.3 - On How it Works


This section on program internals should provide a framework to understand most of the 
effects of the available instructions. The input atomic coordinates (x, y, z) are with reference 
to user- defined axes (a, b, c), which will usually be either crystallographic unit cell axes or 
an arbitrary orthogonal set; these coordinates are input as fractions of the unit cell edges or 
as Angstrom units (in the latter case they are converted to and stored internally as fractions 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---35.html

the-schools-white-paper---4.html

the-schools-white-paper---44.html

the-schools-white-paper---49.html

the-schools-white-paper---53.html