1 ... 62 63 64 65 66 67 68 69 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 66

səhifə66/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers

- The supplied space group is used only to reflect the LAUE symmetry of the data set (thus 
P2/m should do as well in this case). The latter is used to expand the (averaged) data to 
triclinic. 
- The scattering type of the first atom type given on SFAC is assigned to the atoms in 

name_flp.res


- The info on the UNIT line is used by the EXOR link to assign atom types to peaks. 
- This routine is not optimized in terms of using the fastest available FFT routine (yet). 
- The FLIPPER routine is currently experimental and under further development. 
Preliminary experience learns that some structures come out easily and others of similar size 
with great difficulty or not at all. Success or failure often depends heavily on the actual 
choice of the 

delta

perc

 and 

Uiso

 parameter values. 
- A special Charge Flipping run is invoked through the 

PATT

 entry on the main menu. The 
structure is developed from starting phases set to zero. 

Chapter 10 - SYSTEM-S


***** S-USERS SHOULD BE REGISTRATED SHELX-USERS ! *****

 

The external tools (SHELXS97, SHELXL97, SHELXD, DIRDIF99, SIR97, SIR2002) 


are used 'as supplied' by their respective authors and may be obtained from the 


sources given below. They are NOT provided as part of this distribution. S will NOT 


work when no SHELX-97 executables are found in the PATH. 


Development of SYSTEM S started around 1990 and aimed at the automation of data 
reduction, structure determination, refinement and analysis of the results for data collected 
with a serial detector based Nonius CAD4 diffractometer.

10.1 - WHAT IS 'SYSTEM-S'


- SYSTEM-S

 (or S for short) is a closely SHELX(S/L) compatible atomic resolution 
single crystal structure determination suite providing a unique crystallography aware 
SHELL functionality for the invocation and management of the 'tools-for-the-job'. 

- SYSTEM-S

 is for the professional chemical crystallographer who is bored by the 
routine input/output preparation/analysis cycle, but knowledgeable about the procedural 
details and aware of all signals of possible trouble. 

- SYSTEM-S

 operates as a supervisor (with a crystallographic degree and with an 
organized memory) over the process of a single crystal structure determination by X-ray 
diffraction techniques. 

- SYSTEM-S

 provides an interface to a variety of established datareduction, structure 
determination, refinement and evaluation tools. 

- SYSTEM-S

 provides an environment in which it is made easy to tackle 'hard'-
structures requiring multiple attempts to solve a structure in different space groups and 
with different structure solution methods. 

- SYSTEM-S

 provides three modes of operation: 
1. Guided Mode: The program suggests the course of the structure determination 
on the basis of the current context. 
2. Automatic Mode: An automatic structure determination from primary data to 
final (refined) results is attempted. This mode will be referred to as the No-
Questions-Asked (or NQA) mode. 
3. Silent Mode: Automatic 'filter' mode run from the command line. 
The NQA-mode (and Silent mode) obviously works only in the case of (relatively) 
trouble free structures (i.e. no disorder, twinning and similar specialist issues). 
- The tools available within 

SYSTEM S

 are either build-in (i.e. part of PLATON) or 
external (i.e. plug-ins). 
External: 
4.
SHELXS97
 
 
 - http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ 

5.
SHELXL97
 
 
 - http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ 
6.
SHELXD
 
 
 - http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ 
7.
SIR97
 
 
 - http://www.ba.cnr.it/IRMEC/SirWare.html 
8.
SIR200
 
 4  
 - http://www.ba.cnr.it/IRMEC/SirWare.html 
9.
DIRDIF
 
 08
   
 - http://www-sci.sci.ru.nl/xtal/dirdif/ 
Build-in: 
10.
PLATON - Geometry Calculations etc. 
11.
ORTEP - Stripped ORTEP 
12.
SHXT86 - Stripped, Adapted & Modified old but powerful 
                             SHELXS86/TREF. 
13.
PLUTON - Molecular Graphics 
14.
HELENA - CAD4-datareduction 
15.
EXOR - Work-up/completion of raw E-map's 
16.
ABSTOMPA - Exact correction for absorption 
17.
DELABS - Empirical correction for absorption 
- Both 

SYSTEM-S

 commands such as 

SHELXL ISO 3

 (for three cycles of isotropic 
least squares refinement with the program SHELXL97) and standard UNIX-SHELL 
commands such as 

ps -aux

 (to see what is going on) can be given on the S-SHELL 
prompt. 

- SYSTEM-S

 sets up a directory tree for the storage of information supplied and 
generated during the structure determination and manages input/output for the available 
set of crystallographic tools. 

- SYSTEM-S

 restarts, when re-invoked with a compound name in the context where it 
was terminated during the last invocation. The current context can be reset to an earlier 
context with the RELINK, TRMX and SPGR commands. 

- SYSTEM-S

 is the default tool used and developed in the context of our National 
Service Crystallography Center (Utrecht, The Netherlands) handling over 200 (mainly 
organometallic) structures per year and building on experience gained from over 2000 
structure determinations. 

- SYSTEM-S

 comes as a build-in feature of PLATON. 

- SYSTEM-S

 is (currently) available only on the UNIX/LINUX Platform due to 
extensive use of typical UNIX-SHELL features (e.g. sort, ln). 

10.2 - Implementation Requirements


It is assumed by default that all programs called from PLATON/S are in the path so that 
PLATON/S can find them. 
If not, environment parameters should be set: 

- platon

 or PLAEXE for PLATON (Multipurpose Crystallographic Tool) 

- shelxs

 or SHSEXE for SHELXS97 (Direct Methods) 

- shelxl

 or SHLEXE for SHELXL97 (Least-squares Refinement) 

- sir97 

or SIREXE for SIR97 (Direct Methods) 

- sir2002 

or SR2EXE for SIR2002 (Direct Methods) 

- dirdif

 or DIREXE for DIRDIF96/99 (Heavy Atom / Patterson Methods (Orient)) 


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-science-of-stream.html

the-scientific-and-12.html

the-scientific-and-17.html

the-scientific-and-21.html

the-scientific-and-26.html