1 ... 66 67 68 69 70 71 72 73 74

The platon crystallographic package - səhifə 73

səhifə73/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers

access to the full co-variance matrix such as SHELXL. However differences are never 
dramatic. Statistical Information on the variation of bond distance values for similar bonds 
have been collected in a separate table.

Least Squares Planes

. PLATON automatically searches for planar parts and rings in a 
structure. Least squares planes are calculated for them and listed along with the distances a 
nearly atoms to those planes. Two plane equations are given: one in terms of Angstrom 
coordinates and one in terms of fractional coordinates. The latter are often more useful when 
the distance of a symmetry related atom to a given plane is of interest. Such a distance is 
easily calculated as the value obtained by substituting the fractional x,y,z value in the 
expression P * x + Q * y + R * z – S. The above listing of planes is followed by a listing of 
angles between the planes and the angle of the bond list with the planes.

Rings

. At this point the up to 24 membered rings that are found in the structure are listed 
along with a detailed analysis of the puckering. The current structure has none. This part of 
the analysis will be detailed with another example.

Non-bonding Contacts

. Short intra and intermolecular contacts are listed per molecular 
residue along with the associated symmetry relation. Short contacts are identified on the 
basis of tabulated or supplied van der Waals radii. The short contacts are analyzed in the 
next tabulation in terms of the number of short contacts of a given asymmetric residue unit 
(ARU) to neighboring ARU's. The short contacts are further analyzed in terms of clusters 
and networks of molecules.

Hydrogen Bonds

. This is a special type of short contacts. The geometries of all hydrogen 
bonds conforming default use user defined criteria are tabulated and analyzed in terms of 
linear, bifurcated or trifurcated. Hydrogen bonds connect molecules into frameworks of 
dimensionality one (chains), two (planar nets) or three (3D-networks). A similar analysis is 
done for cooperative chains of the type ~O-H...O-H...O-H...O~ and circuits

Coordination Sphere

. The coordination sphere up to 3.6 Angstrom for all non-carbon or 
hydrogen atom is analyzed. Phi and mu in this listing are the polar coordinates of the 
outgoing bonds. In case of a 5-coordinated atom, the position on the the Berry pseudo-
rotation pathway between square pyramidal and trigonal bi-pyramidal is reported. In case of 
a metal, the valence of the central atom is predicted based on Bond Valence theory.

Solvent Accessible Voids

. A search is done for solvent accessible voids in the supplied 
structure model. No such voids are found in the current example. For more details see .

Final Difference Density Map

. A difference map is calculated and analyzed for unresolved 
density when reflection data are supplied. Density maxima and minima are listed along with 
the nearest neighbor atoms within 3.2 Angstrom. High absolute density maxima may be 
indicative for wrong atom type assignment, missing atoms, disorder, twinning or absorption 
effects.

Validation Report

. A summary of the structure validation report is appended (with a copy 
on ambi.chk). The file 

ambi.ckf 

contains the FCF validation report.

Structure Analysis Summary

. Numerical data on the structure analysis are collected in a 
summary table.

APPENDIX VII – HELENA 


This is a tool within PLATON with no entry in the main menu. It is reachable only via the 

-k

  option on the PLATON command line and requires the specification of a raw CAD4 data 
file (e.g. 

platon -k helena.cad

).

APPENDIX VIII – COMPARE: Compare two FCF Files 


This is a tool within PLATON with no entry in the main menu (

Fig. VIII-1

). It is reachable 
only via the 

-d 

option on the PLATON command line and requires the specification of two 
FCF files to be compared. (e.g. 

platon -d file1.fcf file2.fcf

). It was designed to detect cases 
of fraud but can also be helpful for scientific analysis purposes. The comparison can be 
either on a linear or a log-log scale.
Fig. VIII-1. Scatter Plot for the comparison of two data sets.When data sets are identical, all yellow  
dots should be located on the red diagonal.

Literature References


Abrahams, S.C. & Keve, E.T. (1971). Acta Cryst. A27, 157-165.
Alcock, N.W. (1970). Crystallographic Computing, p 271.
Blessing, R., (1995) Acta Cryst., A51, 33-38. 
Brown, I.D. (2002) The Chemical Bond in Inorganic Chemistry - The Bond Valence Model,  
Oxford University Press 
Burns, G. & A.M. Glazer, A.M. (1990) Space Groups for Solid State Scientists, Academic 
Press. 
Burzlaff, H. & Zimmermann, H., (1985) Z. fur Krist.,170, 247-262.
Cremer, D. & Pople, J.A. (1975). J. Am. Chem. Soc. 97, 1354-1358.
Dunitz, J.D.  (1979) Xray Analysis and Structure Determination of Organic Molecules, 
Cornell Univ. Press, P236).
Cooper, R.I., Gould, R.O., Parsons, S. & Watkin, D.J. (2002). J. Appl. 
Cryst., 

35

, 168.
Dwiggens, Acta Cryst. (1975), A31, 395.
Fischer, R.X. (1985) J. Appl. Cryst., 18, 258-262.
Flack, H. & Shmueli, U. (2007). Acta Cryst. A63, 257-265.
Flack, H.D. & Bernardinelli, G. (2008) Acta Cryst., A64, 484-493.
Gelato, L.M. & Parthe, E. (1987) J. Appl. Cryst. 20, 139-143.
Harlow, R.L. (1996)  J. of Research of the National Institute of Standards and Technology, 
101, 327-339.
Hazen, R.M.  & Finger, L.W. (1982). Comparative Crystal Chemistry, Wiley & Sons, 
Chapter #5. 
Herbstein, F.H. & Kaftory, M. (1976). B32, 387-396.
Herbstein, F.H. & Marsh, R.E. (1998) Acta Cryst., B54, 677-686.
Hirshfeld, (1978) Acta Cryst., A34, 828-
Hall, S.R. (1981) Acta Cryst., 

A37

, 517-525.
Hooft, R, Straver, L.  & Spek, A.L. (2008) J. Appl. Cryst., 41, 96-103.
Hu, S.-Z. & Parthe, E. (2004) Chinese J. Struct. Chem. 23, 1150-1160. 
Kitaigorodskii, A.I. (1961) In Organic Chemical Crystallography, Consultants Bureau, New 
York, pp 107.
Kitajgorodskij, A.I.. ‘Molecular Crystals and Molecules’. New York, Academic Press, 1973.
Kuppers, H., Liebau, F. & Spek, A.L. (2006). J. Appl. Cryst. 39, 338-346.
Le Page, Y. (1982) J. Appl. Cryst., 15, 255-259.
Le Page, Y. (1987) J. Appl. Cryst., 20, 264-269.
Le Page, Y. (1988) J. Appl. Cryst., 21, 983-984.
Mackay, A.L. (1984) Acta Cryst., A40, 165-166. 
Marsh, R.E. & Herbstein, F.H. (1988) Acta Cryst., B44, 77-88.  
Marsh, R.E. (1997) Acta Cryst., B53, 317-322.
Marsh, R.E. (1999) Acta Cryst., B55, 931-936.
Marsh, R.E. & Spek, A.L. (2001) Acta Cryst., B57, 800-805.
Merritt, E.A. & Bacon, D.J. (1997). Methods in Enzymology 

277

, 505-524.
Meulenaer, J. de & Tompa, H. (1965). Acta Cryst., 19, 1014-1018.
Mugnoli, A. (1992). 14th European Crystallographic Meeting, Abstract 530, Enschede.
Ohashi, Y.  & Burnham, C.W. (1973) Amer. Mineralogist, 58, 843-849.
Ohashi, Y.  et al. (1981). J.Am.Chem.Soc., 103, 5805-5812.


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-scientific-and-30.html

the-scientific-and-35.html

the-scientific-and-4.html

the-scientific-and-44.html

the-scientific-and-49.html